实验室里。
许秋在完成脑内
b
细胞和外周血
b
细胞的制作后,考虑片刻,又多取了两样标本。
分别是急性期多发性硬化患者,以及缓解期患者。
通过不同的疾病分期,来验证基因表达的动态变化。
随后,是数据分析。
预处理,利用
cell-ranger
过滤低质量细胞,也即线粒体基因大于
20%或基因数小于
200
的细胞将会被剔除。
以及聚类分析。
用
seurat
算法进行
t-sne
降维,依据基因表达相似性将细胞分为不同亚群。
最后,筛选不同组别的差异表达基因。
在大半个实验室停工,全力为许秋保驾护航的情况下,结果很快就出来了。
随后发现,脑内
b
细胞
cxcr4
比外周高出五倍,il-10
则下降了三倍。
当然更显着的在于基因差异!
结果发现,脑内
b
细胞促炎因子
tnf-a、趋化因子受体
均高度表达!
功能富集分析中更是发现,脑内
b